Die architektur des Tempels
Das Gebäude verfügt über nicht besonders regelmäßig gearbeitetes Mauerwerk in Opus mixtum, das Ausdruck einer akkuraten, jedoch nicht besonders hochwertigen Bautechnik ist.
Außen ist das Mauerwerk durch eine Reihe von Bögen unterbrochen, welche Rückschlüsse auf die schlichten Formen des Gebäudes zulassen: den oberen Saal mit quadratischem Grundriss und das niedriger gelegene rechteckige Presbyterium mit gerader Rückwand.
Die architektonischen Lösungen beeindrucken insbesondere im Inneren, wo sie den Raum abgrenzen und erweitern und den nicht besonders großen Räumlichkeiten viel Luftigkeit verleihen. Die schlanke Linie des Saals, die durch mit Bögen verzierte Nischen und den Abschluss durch ein Kreuzgewölbe unterstrichen wird, erinnern an die für den christlichen Baustil typischen Räumlichkeiten mit Hauptkuppel. Das Presbyterium mit seinen drei kleinen Seitenschiffen mutet wie die natürliche Fortsetzung des Saals an, in dessen Richtung er sich mit einem monumentalen dreibogigem Fenster öffnet: ein Dreierbogen aus Ziegelstein, der auf Marmorsäulen aufliegt und die Ostseite abschließt.
Dieser Aspekt lässt sich am besten vom Haupteingang aus betrachten: ein breites, von einem Bogen begrenztes Tor, das von Beginn an die Westfassade ziert, entlang der zu einem späteren Zeitpunkt ein äußeres Atrium errichtet wurde.
Gegenwärtig gelangt man über einen von Beginn an bestehenden Seiteneingang an der Südseite in den Tempel. Dabei geht man durch einen im Mittelalter erbauten Raum, der wahrscheinlich als Sakristei diente.
Durch eine kleine, im Mittelalter leicht abgeänderte Tür in der Südseite gelangt man ins Presbyterium. Dort kann man die einzigartige Ausgestaltung des Areals bestaunen, in dem sich einst der Altar befand: Er stand vor der Rückwand, in deren Mitte sich eine Nische mit Bogen befindet, die denen im Saal ähnelt.
Wenn die Dreiteilung des östlichen Bereiches ein Bezug auf die bewährte Bautradition für christliche Kultstätten darstellt, so ist das System, durch das sie erreicht wird, aufgrund der architektonischen Lösungen und Baumodalitäten schlichtweg einzigartig: durch die Schaffung von drei kleinen Seitenschiffen mit Tonnengewölben, die auf einem aus Säulen- und Pfeilerpaaren bestehenden System aufliegen, das Bretter und Architraven aus Marmor, die aus der Römerzeit stammen, stützt. Die mit Pflanzenmotiven verzierten Elemente wurden in dem aus dem Hochmittelalter stammenden Gebäude eindeutig mit dem Ziel verwendet, einen Bezug zur Antike herzustellen.
Wiederverwendet wurden auch die Säulen, Pfeiler und Elemente aus der byzantinischen Epoche der Abgrenzung, die das Presbyterium vom Saal trennt. Sie sind alle aus griechischem Marmor und wurden mit Sicherheit aus antiken Gebäuden entwendet.
Die Basen und Kapitelle, die denen des Teguriums des Kalixtus-Taufbeckens ähneln, das zwischen dem vierten und fünften Jahrzehnt des 8. Jh.s für die Dekoration des Baptisteriums der Kathedrale geschaffen wurde und das heute im Christlichen Museum im Dom zu sehen ist, stammen indes aus dem Hochmittelalter.
Aus der gleichen Herstellung bzw. aus der gleichen Zeit stammen auch die kleinen Kapitelle auf den Pfeilern der Abtrennung des Presbyteriums. Sie dienen als Stütze des hölzernen Architravs der Ikonostase, die vielleicht ein Originalstück ist und auf der im Mittelalter die Holzstatuen vom Hl. Johannes und der Hl. Jungfrau seitlich eines Kreuzes standen.
Bemerkenswert ist, dass die Scheidewand des Presbyteriums sich wahrscheinlich nicht an ihrer ursprünglichen Stelle befindet. Sie stand vermutlich etwas weiter hinten Richtung Osten zwischen den Säulenpaaren, die die Seitenschiffe stützen. Dafür sprechen einige Löcher für die Anbringung der Stützen, die sich von Norden nach Süden in den Originalplatten an der Basis der Säulen oder den Abgrenzungen befanden.