Nel periodo delle Orsoline una gran parte del Monastero non era accessibile se non alle suore in quanto zona di clausura.
Particolarmente suggestivi sono gli spazi del Monastero riservati alla clausura, agli ambienti privati delle monache per secoli inaccessibili alla pubblica fruizione.
Piccole celle articolate intorno a ampi corridoi lungo il braccio orientale e in quello meridionale del chiostro sono disposte ai piani superiori del complesso.
Centrale risulta il ruolo della chiesa del San Giovanni che risulta il fulcro di un complesso sistema di percorsi legati alla quotidiana vita monastica. Al piano terra della chiesa, sul lato nord, è situata la stanza della santissima comunione collegata alla chiesa da un’imponente grata in ferro battuto dorato. Un suggestivo matroneo al primo piano fiancheggia il lato nord della chiesa e consente alle monache l’accesso ad un piccolo confessionale situato nei pressi della zona absidale della chiesa stessa a cui il celebrante poteva accedere senza interferire con gli ambienti della clausura. Il matroneo è collegato alla chiesa da grate lignee traforate, finemente decorate per proteggere dallo sguardo la vita delle monache che qui si potevano raccogliere in preghiera. Affascinanti gli scorci sulla navata della chiesa che da qui si possono fruire, così come dall’ambiente del coro delle monache situato in corrispondenza della facciata del San Giovanni. Il coro è stato realizzato dopo la riforma tardo seicentesca della Chiesa e sostituisce quello più antico che era posto nell'aula dell'Oratorio di Santa Maria in Valle (Tempietto Longobardo) dove era stato collocato alla fine del XIV secolo. Dal coro è visibile l'interno della Chiesa dopo la riforma tardo seicentesca che ha determinato l'innalzamento della Chiesa stessa e il nuovo assetto degli interni.
Al secondo piano, sempre in corrispondenza del lato nord del San Giovanni si trovano due cappelle con altare, inondate da luce zenitale; una dedicata alla Beata Vergine, l’altra al sacro cuore di Gesù.