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L’edificio mostra una tecnica costruttiva accurata anche se non di particolare pregio, con un paramento in opera mista senza particolare regolarità.
All’esterno è ritmato esternamente da una serie di arcate che delineano i semplici volumi cubici dell’edificio: l’alta aula a pianta quadrata e il più basso presbiterio rettangolare, con parete di fondo rettilinea.
Ma è soprattutto nell’interno che le soluzioni architettoniche definiscono e dilatano in modo sorprendente lo spazio dando ariosità a volumi non particolarmente grandi. Lo slancio verticale dell’aula, sottolineato dalle nicchie con arconi delle pareti e concluso superiormente da una volta a crociera, riecheggia gli ambienti con cupola centrale dell’architettura cristiana, mentre nel presbiterio, con tre navatelle, appare la naturale estensione dell’aula, verso cui si apre con una monumentale trifora: una triplice arcata in laterizi retta da colonne marmoree, che delinea la fronte orientale.
Si può cogliere questo aspetto affacciandosi dall’ingresso principale: un ampio portale delineato da un arcone, posto fin dall’origine nella facciata occidentale, lungo la quale un atrio esterno fu aggiunto probabilmente solo in un secondo momento.
Attualmente al Tempietto si accede da un ingresso laterale, aperto fin dall’origine nel perimetrale meridionale. Vi si giunge passando attraverso un locale eretto in epoca medievale, presumibilmente con funzione di sacrestia.
Dalla piccola porta del lato meridionale, leggermente modificata in età medievale, si entra nel presbiterio e si può ammirare la singolare configurazione dell’area ove era collocato l’altare: posto dinnanzi alla parete di fondo al cui centro si apre una nicchia con arcone, simile a quelle presenti dell’aula.
Se la tripartizione della zona orientale deriva dal riferimento ad una tradizione consolidata per i luoghi di culto cristiani, sicuramente unico per scelte architettoniche e per modalità costruttive appare il sistema con cui tale suddivisione è stata qui ottenuta: grazie alla creazione di tre navatelle coperte da voltini a botte poggianti su un sistema a coppia di colonne e pilastri che reggono mensole e architravi marmoree di epoca romana. Decorati da motivi vegetali questi elementi sono impiegati nell’edificio altomedievale con l’evidente volontà di un richiamo all’antico.
Di riutilizzo sono anche le colonne, i pilastri e gli elementi di epoca bizantina della recinzione che separa il presbiterio dall’aula. Tutti realizzati in marmo greco, provengono dallo spoglio di più antichi edifici.
Di età altomedievale e realizzati per l’occasione sono invece le basi e i capitelli che si avvicinano a quelli del tegurio del fonte battesimale del Patriarca Callisto, scolpito tra il quarto e il quinto decennio dell’VIII secolo per ornare il battistero della cattedrale e ora visibile nel Museo Cristiano presso il Duomo.
Della stessa fattura o comunque sempre di periodo altomedievale sono anche i capitelli posti sopra i pilastri della recinzione presbiteriale per reggere l’architrave lignea dell’iconostasi, forse anch’essa originale, che in età medievale reggeva le statue lignee di San Giovanni e della Madonna a fianco di una croce.
Da notare che la posizione attuale del setto presbiteriale non sembrerebbe quella iniziale, che doveva essere un poco più arretrata verso oriente, posta tra le colonne accoppiate che reggono le navatelle. Lo segnalerebbero alcuni fori, utili per la collocazione dei pilastrini, che si trovano allineati da nord a sud nelle originarie lastre alla base delle colonne o presso i perimetrali.